Die Dorfherrschaft der Herren von Egloffstein wirkte sich auch auf die religiöse Situation Kunreuths aus. Als eine der ersten Herrschaften im Bamberger Gebiet, die sich zum protestantischen Glauben bekannten, führten die Herren von Egloffstein schon früh die Reformation in vielen ihrer Besitzungen ein. In Kunreuth erfolgte dies spätestens um 1560.

Während des Bauernkrieges wurde auch Kunreuth in Mitleidenschaft gezogen. 1525 plünderten aufständische Bauern das Schloss und brannten es nieder. 1553 folgte die Verwüstung Kunreuths durch den Markgrafen Albrecht Alcibiades von Brandenburg-Kulmbach. Das Dorf und das Schloss wurden geplündert und niedergebrannt, und die 39 Bauern samt Pfarrer und einigen Knaben, die das Schloss verteidigt hatten, ließ der Markgraf im Baumgarten neben dem Schloss erhängen.

Auch der Dreißigjährige Krieg muss dem Dorf und seiner Bevölkerung großen Schaden zugefügt haben. Kunreuth scheint großteils verwüstet gewesen zu sein, viele der Anwesen waren verwaist. Im Zuge des Wiederaufbaus ab Ende der 1630er Jahre spielte erstmals auch die Ansiedlung von Juden eine größere Rolle. Der Zuzug jüdischer Bevölkerung verstärkte sich im Laufe des ausgehenden 17. und vor allem des 18. Jahrhunderts. Die Synagoge der jüdischen Gemeinde befand sich an der Brücke am Trubbach. In der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts brachte die allmähliche Abwanderung der jüdischen Bevölkerung in die nähergelegenen Großstädte und nach Übersee das Ende der jüdischen Kultusgemeinde Kunreuth.

Im 18. Jahrhundert war Kunreuth zeitweise ein wichtiger Ort der fränkischen Reichsritterschaft. Carl Maximilian von und zu Egloffstein, seit 1721 Ritterhauptmann des Ritterkantons Gebürg, verlegte die Kanzlei und damit den Regierungssitz des Kantons, der in etwa das Gebiet der heutigen Fränkischen Schweiz umfasste, nach Kunreuth. Entlang der neu angelegten Herrenstraße zwischen Dorf und Schloss entstanden Häuser für die Kantonsbeamten sowie das bis heute prägendste Gebäude, das um 1730 errichtete Kanzleigebäude.

Allgemeine Daten zu Kunreuth